《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。
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袁淮参加家族试炼，却在试炼中被恶人夺走修仙名额，母亲被害死，妹妹被掳走，自己更被打成重伤丢下山崖。在崖底濒死之时，遇到万年前被镇压在五指山下的孙悟空，获得机缘拜师后重获新生，逃出崖底为母报仇，又在孙悟空的帮助下踏入仙门，走上修仙救妹之路。
小黑跟随师父在小镇上过着安宁日子，分会馆遇袭，打破了妖精世界维系多年的和平，来自妖灵会馆的“全新任务”也让两人陷入分离危机，更让师父无限的处境发生翻天覆地的变化。面对环环相扣的谜团，小黑与师姐鹿野共同开启了寻找真相的新冒险。这一次小黑能否经受住考验，顺利保护师父化险为夷？
1939年9月，科莱特和欧内斯特跟随父母前往外祖父母所在的一个名为“格兰杰维尔”的村庄度假。然而战争爆发，父母均要为国家效力，这让这对兄妹的这段“假期”成了他们生命中最难忘的一段时光。被迫留在乡下的孩子们，用幸存者的眼光，回忆并叙述了这个漫长的关于童年与战火的故事。
核晶守护者乐小宇、福星和立夏，有了霸王龙、猩猩和迅猛龙的加入后，又成功找到了新的远古钶龙：独角兽和双头龙，核晶守护团队如虎添翼。寻找核晶的过程中，霍霍巴博士终于露出自己的真面目，与核晶守护团队展开激烈的战斗。同时，奥米伽也派出新的外星钶龙军团抢夺核晶。尽管遇到的敌人一个比一个厉害，乐小宇等人也依然没有退缩，勇敢地渡过层层难关。凭借友情、努力、团队合作和武器合体，乐小宇等人成功将霍霍巴及外星钶龙击败，并最终集齐了十块核晶碎片
