一家神秘的玩具公司利用忍者神龟新获得的知名度，兄弟俩循着线索来到新泽西州，在那里他们偶然发现了一个令人震惊的事情。
《超越善恶》原本计划作为该系列的完结篇，但福克斯在最后一刻又购买了几集。因此，最后六集的动画风格有所不同。萨班在菲律宾聘请了一家工作室（简称为菲律宾动画工作室，该工作室也参与了1994年《神奇四侠》系列第二季的制作），因为制作前四季的动画工作室AKOM因其他项目正在筹备中而无法使用。
I-Machine——那是在极限环境下作业的大型机器人的总称。 联盟学院学生三栗麻耶在使用I-Machine的途中被卷入事故， 得到驾驶着I-Machine、如同海贼一般挖掘欧利哈特矿石的埃斯卡维特公司的宇宙船的帮助，并演变成要身为公司的一员进行工作的局面……。 在各有特点的成员们当中生活的同时，麻耶开始逐渐了解何为“人类”。
“我与你一同飞向天空。”甘粕桧曾根，是最近开始在航空自卫队岐阜基地任职的新人。过于率直而总是无意识地伤害他人，对此感到疲惫不堪的她，选择成为任期限定的自卫官。但，命运的邂逅彻底改变了她的人生。被秘藏在基地中、伪装成战斗机的龙选中了桧曾根，并和她一起飞向天空。就这样，搭乘“OTF（变态飞翔生命体）”的飞行要员，成为了桧曾根的工作。甚至能左右国家命运的龙，究竟隐藏着怎样的秘密呢……。
先启之力，芯石能源；一念向善，一念为恶。岳骏天，在一次调查采访时卷入云城“先启”间的斗争；江心，为阻止李尊元的统治计划来到云城。两个人相互影响，一个解开身世之谜，另一个完成自我救赎，共同对抗李尊元。
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