动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚，毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们，驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……
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Mark Grayson是个普通青少年，除了一点——他的老爸是这个星球上最强大的超级英雄。在他十七岁生日后不久，Mark开始发展自己的超能力，并接受父亲的指导。他拥有和父亲一样超强的力量、速度、飞翔能力，刀枪不入，老化缓慢，自愈能力强。
平凡的中学二年级少年影山茂夫，因其微弱的存在感而遭人戏称为“路人”，但不起眼的他其实是强大的天生超能力者。
[TV动画] 明日方舟 [RISE FROM EMBER] 制作确认！博士，很高兴再次见到你。
