突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力，被称为“子体”的兵器。负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”，他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬，还有一心向往天空的少年，两人漫长且炙热的故事就此展开。
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在这一续集里，主要描写的是一群围棋少男少女们如何面对前辈们留下来的恩恩怨怨，如何面对他们的友谊，如何面对发生在他们之间的情感冲突，导演把追求理想做为了全续集的重点，细腻的人物心理刻画和情感的塑造，进一步拉近了与现代青少年生活间的距离。新的续集中除了原女棋手方百花外，还增加了开小棋馆的女主人小芸，为能参加国手大赛而女扮男妆的 “陈公子”，及日本的“小百合”，使原本钢劲硬朗甚至有些残酷激烈的故事一下平添了几分柔美几分温情。 续集把“和谐”这一主题上升到一个高度，既表现为少男少女间的友谊、棋手间的关系，又更深层次的表现为一种亦敌亦友的态度、宽广和睦的人生境界、国与国间的真正情谊。 续集在围绕小主人公江流儿成为“围棋英雄”的情节设置中，还安排了一个“野蛮”的围棋少年高手“棋鬼王”，在日本少年棋手黑木与日本新“名人”组成的围棋三人组来到了中国时，危机之中凌云寺里的江流儿和“棋鬼王”抛弃前嫌与女棋手方百花组成了新三人组，于是挑战、迎战，一场惊心动魄的围棋大战，伴随着一件件让人始料不及的事件终于爆发了
十岁的女孩 Hazel 刚刚因为父亲的新工作搬到大城市迪马德尔菲亚，在她的哥哥 Antony 离开去上大学后，她独自一人探索这座城市。
少年罗烈被意外选中召唤到异界，顶替他人的身份活下去。异界中大小势力割据，处处暗藏杀机。思乡心切的罗烈靠着坚韧的品性与魂穿时获得的神秘能力，在风云诡谲的局势中克服重重困难，突破自身极限，名震一方。然而，险象环生的困境、奸佞狡诈的诡计对他步步紧逼，在青梅竹马的舍命相助下，无心成为英雄的罗烈却意外走上了一条英雄之路，前方等待他的是万劫不复的深渊，亦或是拨云见日的光明？
[TV动画] 明日方舟 [RISE FROM EMBER] 制作确认！博士，很高兴再次见到你。
