故事发生在被天空之壁分为三区块的假面骑士Build的世界，这里竟然出现了假面骑士Ex-Aid世界的敌人崩源体。面对神秘敌人而毫无应对方法的桐生战兔，他一筹莫展之时一个身体半边被金属覆盖的神秘男人在他眼前登场。 面对前所未有的危机，能拯救人类的只有那群假面骑士。凌驾前作的规模，前所未见的动作场面，不该有交集的英雄们终于相遇。谜团重重的故事即将解开……
“只有学得上级魔法才能独当一面。爆裂魔法之流不过是搞笑魔法罢了”与红魔族之里的这一教训背道而驰，惠惠为了学得爆裂魔法而努力向学，并几乎每天都被同班同学的悠悠发起挑战，过着匆匆忙忙的学校生活。在这样的某一天，她一回家就发现妹妹小米抱着一只不认识的黑猫——！？
天赋平平的宣起，原本只是个神通榜上没有排名的神通者，人生理想只是在这一方天地中，安全第一地苟到最后。然而一次外出，他恰好撞见倾城女帝和上古魔物的激战，遭受池鱼之殃。危急时刻，宣起竟然开启了“天秀”系统，获得了“只要展现绝世高手风范，就能不断获得仰望值”的能力。此后，宣起误打误撞，不得不以“神皇转世”的身份登场，看似轻而易举地斩杀上古魔物，更连续击败异魔道高手，从此一朝成名天下知，受到整个大胜神州的敬仰。更神奇的是，他的一言一行总是被误会成大有深意，无数神通者视他若神明，而他也被异魔道当成了心腹大患。
