本季主要讲述了在始祖灵兽利用无尽能源替布莱克驱逐了体内的黑暗力量后，无尽能源便消失了，正当SPT
异界神灵入侵。万名救世主被选中进入秘境，血战妖兽，全球直播。 楚陌：疯了吧？除我之外，救世主全员修仙者。让我一个普通人去和妖兽厮杀，这合理吗？ 签到系统启动。 签到第一天，获得千年妖兽之力； 签到第二天，获得传奇武神战斗经验； …… 签到三十天，我能一拳无敌！
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。 十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑……
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小黑跟随师父在小镇上过着安宁日子，分会馆遇袭，打破了妖精世界维系多年的和平，来自妖灵会馆的“全新任务”也让两人陷入分离危机，更让师父无限的处境发生翻天覆地的变化。面对环环相扣的谜团，小黑与师姐鹿野共同开启了寻找真相的新冒险。这一次小黑能否经受住考验，顺利保护师父化险为夷？
更衣小夜是私立三荆学园的高中二年级学生，虽然平常和同学们一起过着普通的学园生活。但是另一方面，她还要接受父亲的命令完成某项“任务”。那就是狩猎被称为“古物”，拥有远超过人类力量，并且以人类为食的东西。小夜作为唯一可以打到“古物”的人，为了守护他人、为了自己最喜欢的父亲，使用浮岛神社传承下来的御神刀独自战斗着。
“为什么谁都不记得真正的世界呢……！”
讲述13岁的Jack和一群住在郊区的中学生的故事，他们住在一间装饰过的树屋里，玩电子游戏，大吃特吃糖果，在怪物末世之后与僵尸战斗。
故事发生在小嗝嗝与没牙仔分开的五年之后，博克岛一年一度的亲衣节又到了，然而随着小嗝嗝的孩子们的长大，对龙与人曾经那段真挚而深刻的友谊只能通过父母的言语来了解，不免产生了质疑，小嗝嗝为防止孩子们对龙的误解，又能想出怎样的妙招呢？
