第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
九一八事变爆发后，留学日本的青年沈云回国效力，却遭遇沈家被日本人竹上灭门的惨剧，而沈云也被日本人陷害入狱，死期不远。为了复仇，沈云假死逃过一劫，忍痛和初恋吴楚琳分手，并改名华明翰，加入中统，与救命恩人兰亭舒扮演假夫妻、收养十岁女孩晶晶后去往上海执行潜伏任务。七年后，华明翰表面上是上海租界巡捕房的总探长，实则是让日本人闻风丧胆的“冰锋”，他带领华兴社成员周旋于波诡云谲的局势中，粉碎了日本人在华的重重阴谋。与此同时，朝夕相处的兰亭舒爱上了华明翰，而华明翰心中却只有吴楚琳。然而，当吴楚琳再次出现认出他就是昔日恋人沈云时，为了大义，他只能再一次推开吴楚琳。直到吴楚琳被日本人炸死，他才知道她就是一直报道冰锋事迹的记者曙光。祸不单行，养女晶晶和兰亭舒先后在抗日行动中牺牲，华明翰亦得知兰亭舒的真实身份是共产党，对国民党彻底心死的他毅然退出中统，带领华兴社加入新四军，开始了新的抗日征程。
2262年，地球军上尉伊丽莎白·洛克利被任命为巴比伦5号空间站的指挥官。该空间站逐渐发展成为逃离灵能部队的叛变心灵感应者的庇护所，并由此引发了冲突。前纳尔恩驻巴比伦5号空间站大使格卡尔，在纳尔恩-半人马座战争期间被监禁期间所著书籍出版后，不情愿地成为了精神偶像。德拉克人，曾经的暗影联盟盟友，留在银河系，通过一种名为守护者的寄生生物控制了半人马座主星上的摄政王维里尼，并挑起半人马座与星际联盟之间的战争，目的是将半人马座与星际联盟隔离开来，为自己争取一个可塑的家园。
年少时，他们有一场美丽的邂逅，可命运却随后扼住这对不幸男女的咽喉，让他们背负着弑父杀母的罪恶在昼夜边缘徘徊……
