第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
驿站附近的乐活山庄，暗中收集情报。女掌柜田津津聪明机警，乐于助人，跑堂田大壮武功高强，琴师朴岛毅见多识广。账房田大娘眼力佳记性好。四人各有秘密，却凑到一起。意气风发的福将军因得罪权贵，被贬中枢驿站。但实际上是来中枢城查一件要案。二人日久生情之际，边关急信丢失，送信差役惨死，彻底搅动了城中风云。
三界浩劫，魔尊逆轮覆灭，九幽邪灵溃散遁入人间。
在第二次世界大战期间，人们亲临了在广岛和长歧上空的蘑菇云之后，科学与应用科学的碰撞带来的灾难性对于我们世界的持续安全性来说，是显而易见的。美国几乎在核竞争中失败。世界不会再冒险召唤一次死亡的蘑菇云。在阿尔伯特·爱因斯坦和一些值得信任的顾问的帮助下，亨利·S·杜鲁门总统授权在偏远的大西洋西北进行一个住宅区发展计划。这是一个保护并且照料美国最有价值的脑力资源的地方。在那儿，我们国家最伟大的思想家，超级天才们致力于创造科学成就的新纪元，而他们的生活和工作会得到非常好的支持氛围。最好的建筑师和规划师们被委任为这些天才们设计一个受欢迎的地方定居。这个地方能为他们的孩子提供最好的教育，最好的医疗服务，最好的生活福利设施以及生活质量。这个社区的建设堪与美国最优美的田园风光小镇相媲美。只是它们之间有个重要的区别：这个小镇不会出现在任何地图上。至少无一不是被五角大楼划分于“只有眼睛”之类。
