四百年前，现代文明崩溃，如今的世界陷入刀剑与魔法交锋争权的混乱局面。黑暗叛军矢言要让破坏之神安瑟勒萨克斯起死回生。他们在实力惊人的四天王率领下持续开疆拓土，意欲掌控全世界。位于中央金属大陆的梅塔里卡纳王国惨遭魔法师带领的黑暗叛军攻击。为了拯救王国，大祭司的女儿提亚·诺特·洋子必须做出一项决定：将封印在儿时好友吕西安·仁忍体内，曾图谋掌控全世界的古代大巫师复活。而解开封印唯一的办法，就是献上处女之吻。危险迫在眉睫，洋子吻上吕西安的唇。就在这一刻，空气中顿时出现一股惊人的黑暗力量。最强大、最疯狂、最艳色逼人的传奇巫师暗黑施奈德就此复活！
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
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由于一些小混乱，鲍勃的父亲负责翻修一座古老的城堡。
故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。
