京平是日本一个名为“SEEK”的秘密非政府间谍组织的刺客，他的女友在一场悲惨的空难中丧生，他正沉浸在失去爱人的悲痛之中。此时，“SEEK”的领导人三云亮联系他，委托他执行一项紧急任务：营救一名同事，找回一种名为“RDX@”的新型高爆炸性液体，并阻止残暴的黑道头目小月惣治郎及其团伙控制日本。虽然人们一度认为忍者已经消失……但新一代的刺客依然存在，他们守护着日本和一切正义；忍者即将回归。
在一個罪犯猖獗的城市，黑幫大老文森在得力助手強尼的輔佐下，坐擁整個地下江山，不過最近要奪他老命的風聲四起，他的地盤也開始不尋常地出現警察蹤跡。氣急敗壞的文森緊急花錢疏通白道，另一方面則派強尼大規模掃蕩，凡是嫌疑之人皆不放過！雖然他強悍的作風掌控了安全，但卻控制不了每個人的心…
Billy刺杀390帮会新上任老大阿海之后失踪，Cindy被27帮会的人抓回去甲洞南村一家按摩院卖身还父债。Billy成功暗杀按摩院老板并救出 Cindy。 Billy代罪立功，并获得390帮会代班老大火炮(390帮会创始人火山之弟) 的庇护。Billy一心想当390老大，火炮则认为Billy有勇无谋并不合适，只命他为五虎之首，火炮倒是下令找阿忠出来坐正390老大位子。为此Billy心理不平衡。另一边厢，死去的27帮会老大黑龙之子，人称太子，从澳洲回来接管老大一职.太子以精明的头脑和心狠手辣的手段经营27帮会，在甲洞夜店贩卖毒品让甲洞一夜之间变成了”毒城”。隐姓埋名的阿忠在乡下一家修车库工作并改名阿信，和彤彤过着平静的生活。因江湖事而让阿忠心爱的人彤彤被强暴这个教训，一直提醒着阿忠息事宁人。由于江湖上传闻阿忠将会是390的接班人，27帮会也深怕阿忠的复出会再度让390帮会掘起，太子施计陷害阿忠，让他义无反顾地复出。另一边厢则以Cindy来威胁Billy坐上390老大的位子。此计乃要让Billy与接班人阿忠争夺老大位子而自相残杀。
