我们无法一起学习第二季

　市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……

这个世界一直流传一个传说：终有一日，魔王会降临于这个世界，魔王麾下，有七尊恐怖的魔头，他们，将带给这个世界绝望的黑暗。

少年宁鱼被人毁掉丹田，受尽屈辱，在偶然之下进入了母亲留下的玉佩之中，发现了神魔养殖场，在养殖场内的神魔帮助之下，重塑丹田，走上了一条完全不同的肉身修行之路。

性格与爱好截然相反的高中生小桃（若山诗音 配音）和厄卡伦（花江夏树 配音）因为一个赌局获得了各自的超能力，成为了一同对抗怪物和外星人的朋友。小桃的青梅竹马寺仁（石川界人 配音）因为家中发生的一系列怪异现象前来求助，三人一同来到他家所在温泉街，试图解开寺仁家中的谜团，然而在他们踏入小镇的那一刻，就被一股神秘的势力给盯上了。在经历重重危机之后，小桃和厄卡伦帮助寺仁共同揭开了家中的秘密。