故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
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在一座因为发展秘密科技所以被毁灭的城市里，埋藏着可以让死人复活，让活人永生的巨大力量。这力量诱惑着一群又一群无法对命运释怀的人来到这座城市。他们或厮杀，或沉沦，或终其一生追寻已经触不可及的安宁。那力量则静静看着他们，并默默从中挑选自己的主人。被它选中的人，将决定这座城市外所有人类的命运。
唐门外门弟子唐三，因偷学内门绝学为唐门所不容，跳崖明志时却发现没有死，反而以另外一个身份来到了另一个世界，一个属于武魂的世界，名叫斗罗大陆。这里没有魔法，没有斗气，没有武术，却有神奇的武魂。这里的每个人，在自己六岁的时候，都会在武魂殿中令武魂觉醒。武魂有动物，有植物，有器物，武魂可以辅助人们的日常生活。而其中一些特别出色的武魂却可以用来修炼并进行战斗，这个职业，是斗罗大陆上最为强大也是最荣耀的职业“魂师”。.
因为黑白无常的操作失误，使得青年富豪柳云提前离世，但是作为商场上叱诧风云的人物，柳云并未放弃，而是利用黑白无常的失误，和她们谈判并得以重生在古....
