常语琪（白雪 饰）家中经营着一间小小的卤味店，身为店主的女儿，常语琪常常在店中上上下下奔走帮忙，活脱脱一个小掌柜。实际上，常语琪十分羡慕那些穿着西装高跟鞋，出没于格子间写字楼的女白领们，渴望着成为其中的一员，但看着依然天真烂漫童心未泯的母亲，常语琪知道自己必须背负起家庭的重担。一次偶然之中，常语琪获得了进入顶级高科技公司阿尔法公司工作的机会，这正是常语琪一直以来的愿望，不仅如此，常语琪亦和仰慕的男神封舟（张睿家 饰）成为了同事。起初，封舟十分瞧不上常语琪这个初出茅庐的菜鸟员工，但随着时间的推移，常语琪用努力和实力证明了自己，终于获得了封舟的认可，也收获了美满的爱情。
大学室友萧青葶、单紫、蔚蓝、橙橙，性格迥异却也互补。毕业将至，萧青葶在父亲安排下到一家影视公司实习，遇到了失联多年的儿时好友郑宇，更偶然被调到制作部，见到了仰慕已久的名编剧慕容轩，开启了自己的编剧梦。外貌出众的单紫精挑细选出几家大公司，投简历、面试，但却因为一次简单的客串，凭借自身完美的外形以及在镜头前自然的表演，引起了经济公司的关注，对于这样的人生转折，向来有主见的单紫也有些不知所措了；家境优越的蔚蓝准备用几年时间独自遍游全国，在偶遇几位支教志愿者之后，跟随他们走进了大山；成绩相当优异的橙橙则宣布了一个让人跌破眼镜的决定，她放弃了所学专业，想要成为一名真正的芭蕾舞演员。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
