故事讲述讲述1897年时一位高官从西班牙来访，但他的女儿被绑架后令美西局势升温，在古巴的战争似乎已无可避免。
第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
故事发生在民国初年，老沈阳北市场有片杂八地，就跟老北京的天桥一样儿，走江湖的、做生意的，开洋行的，还有冒险家投机家等等，你方唱罢我登场，煞是热闹。一天，一个非常不起眼的小人物来到北市场，居然引起一阵轩然大波。原来，此人名叫赵春安，本是个走江湖的小人物，只因十二年前与他相依为命的妹妹柳儿与他失散，多年以来，一直心有愧疚，坚持寻找妹妹，几乎走遍了东北，偶尔捡到一页广告画，因那做广告美女的下巴上有颗美人痣，他认定此女就是妹妹，于是一路寻找而来，终于打听到此女原来是戏班子的小芙蓉，已经嫁给北市场的头号人物哈贝勒。赵春安急忙奔往贝勒府。
落难的李奇（罗嘉良 饰）在穷途末路时遇到了小学同学谢源（吴镇宇 饰），谢源误以为李奇轻生要跳海而出手相救，李奇便自此留在了谢源家中。刚好的邻居冯仁昆（黎彼得 饰）介绍他们到片场当临时演员，也认识了当红的影星邵芳芳（宣萱 饰）、程宝珠（张可颐 饰），四人更从欢喜冤家变成了恩爱无比的恋人，一起面临了不少人生关卡……
余非（李沁 饰）自幼生活在单亲家庭，她积极向上，善良且乐观，沒有通常单亲家庭成长起来的孩子那种偏执，母亲余玥（杨雨婷 饰）郁郁寡欢，为人冷淡，伹这并沒有使余非心中留下阴影，她始终一如继往地照顾母亲。生在富豪之家，娇生惯养的叶琳（阚清子 饰）自小被父母捧在掌心，爱使小性子。身份的悬殊并没有阻碍她与余非成为无话不谈的闺蜜。长大成人后，女孩的心思多了起来，特别是当叶琳发现自已钟爱的章赫凡（何润东 饰）心思在余非身上，心中涌起嫉妒之火。为报复昔日姐妹，她跟对余非始乱终弃的老公夏宇扬（张勋杰 饰），狼狈为奸，无所不用其极。就在这时，一个爆炸性新闻弄懵了她俩，原来她们是从出生就被掉包，同父异母的亲姐妹.....
蛰伏的无限者为了获得“抑制剂”的配方不断派出异能者作案，多次袭击异能局成员。望帝利用被洗脑的沈梦，大举进攻异能局。面对来势汹汹的无限者，异能局众人同心合力，与无限者斗智斗勇，解决了一次次的危机。然而一心想篡位的周蝶也在蠢蠢欲动谋划了一场更大的阴谋……
侦探们调查了一起发生在快餐店的多重谋杀案；一名瘾君子将他的女婴交给了一名毒贩作为逾期贷款的抵押品；内部事务部重启了柯肯德尔案。
