征战PTU一年后，李柏翘（陈键锋 饰）加入冲锋队，而钟立文（吴卓羲 饰）加入特别职务队。两人的行事风格迥异，柏翘接连高升，而立文则总为冲动埋单。台湾坐牢十年的江世孝（苗侨伟 饰）出狱，被进兴老大杜亦天接回香港，准备委以重任。但遭到Laughing哥（谢天华 饰）的不满，处处挑衅。期间，立文为了破获制毒工场，邂逅了盗版妹江悠悠（江若琳 饰），而后者刚好是江世孝失散多年的女儿。在大嫂程若芯（周海媚 饰）的撮合下，父女终于相认。而江世孝也投桃报李为程若芯找到了母亲花姐。花姐之女花若葆在Car1受到李Sir不留情面的责骂。幸好有柏翘劝慰才得以化解，两人暗生情愫。与此同时，立文与悠悠也是假戏真做，一个扮演小公主，一个扮幸运王子。正在此时，立文奉命作进兴卧底，投靠Laughing，后者游走在江世孝与程若芯之间，亦正亦邪…
新一季的剧情据报会偏离原作播客的内容，引入新角色及演员。Janelle Monáe饰演一名固执的女子，醒来时发现自己在独木舟上漂浮，而且失去了为何来到此处﹑以及她是谁的记忆。
第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
娱乐公司总监的海灿海归回国，因巧合认识了老师雨彤，发现她手上的疤痕，发现她可能是自己一直要找的儿时玩伴，于是接近雨彤。而雨彤其实具有另两重人格，一种擅长拳脚功夫的阿健，另一种是美艳动人雷凯莉，因跳舞视频和海灿的好友毛峰导演走在了一起。偶然间，海灿发现雨彤就是自己要找的人，并得知她的多重人格。通过进一步接触，得知雨彤是在领养家庭里被养母虐待致病。从此海灿日日守护，两人恋爱，而在海灿前女友的多重打击下，雨彤决定离开海灿。此时，雷凯莉趁虚而入，夺下了身体的主控权，逐渐走红，海灿想要雨彤回到身边，却遭遇车祸，忘记了雨彤，误以为自己跟前女友复合。周围人的关心唤醒了雨彤，雨彤变身成阿健，打醒海灿，海灿回到雨彤身边，帮助雨彤治疗，治愈了雨彤内心的伤痛，两人不离不弃，赢得幸福人生
抗战期间，肩负惊天机密的飞行员保罗·韦恩与机械师董子晨从国统区浙江衢州机场起飞奔赴昆明时，遭遇日军战机拦截的悲壮故事。
