万磁王为了争取更多变种人的权利，他聚集了一批部下不断针对人类进行破坏。而X教授致力于人类与变种人之间和谐生存，他创办了X学院，收取变种人学生，教导他们知识，让他们能合理运用自己的能力。培养他们成为X战警，保卫人类与变种人。
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化……与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
