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古域国丞相家的大小姐千云兮身怀异能，自幼被认为是不祥之人，被迫代嫁进夜王府。王爷夜幽冥见她赤诚善良，使出千层套路傲娇示好，千云兮则觉得王爷不怀好意，遂与其斗智斗勇起来。鸡飞狗跳的同居生活开始了。
那一年，全球异变，游戏降临现实，魔灾开始肆虐。为了抵抗这一切，每一个人都规划职业选项，疯狂升级，争取变强。有人选择了高贵的法爷，有人选择召唤师，旗下召唤物层出不穷，围殴死敌人。令人大跌眼镜的是，被寄以厚望的云辰却选择不转职，当一个无职散人！
漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
