故事发生在唐朝末年，时局动荡，无论朝中还是民间都人心惶惶。隶属于官府的神秘组织“不良人”全体失去了踪迹，同样下落不明的，还是价值连城的国库宝藏。传说中，一切的秘密都隐藏在龙泉剑上，得到了龙泉剑的人，便拥有了掌控天下的能力。
诸神陨落已久，继承“神祇烙印”的灵能者们退居一隅，普通人们安居乐业，逐渐忘却了那些神明的故事。 少年戚歌过着平凡的生活，可他的命运因为一把神秘黑刀而改写，"灭世魔神"路西法竟寄居在他体内，未知的灵能世界逐渐在他面前展开。 命运会将他引向何方呢？又或者，这命运能否由他自己来主宰？ 曾经的“诸神黄昏”到底为何发生，错综的灵能势力里谁才是真的正义？ 为了掌握自己的命运，戚歌与同伴们一同踏上超越诸神的成长之路……
[TV动画] 明日方舟 [RISE FROM EMBER] 制作确认！博士，很高兴再次见到你。
