《60天，指定幸存者》在原版主要故事情节的基础上，加入了更多有关韩国国情的元素。这是一个关于政治家的故事，他突然从环境部长晋升到了总统，因为在国会上发生的一次爆炸中，排在他前面的总统候选人都罹难身亡。朴木镇原本是位科学家，如今身为政客的他必须努力融入政坛。在朴木镇代任总统的 60 天中，尽管经验不足并且不情不愿，他还是想努力揭开袭击背后的真相。
随着MPU搬入新办公室，新任主管霍利斯·布劳恩督察也随之上任，此时接到报警电话，称一辆载满学生的城市巴士在校外旅行中失踪。小组利用一位曾试图阻止绑架的父亲的线索展开调查，同时杰森也联系了一位老同事寻求帮助。
Jackie（蔡少芬 饰）罹患脑癌后一直昏迷，程至美（吴启华 饰）一直守候照顾。至美的用情专一深深感动了同一所医院的医生何心研（蒙嘉慧 饰）。富家女出身的心研跟风流医生林敏智（陈豪 饰）本是恋人，遇上了至美才让她看到了细水长流的爱情。江满月（苏永康 饰）因爱滋病逝世，姐姐新月（陈慧珊 饰）伤心欲绝，黎国柱（林宝怡 饰）在身边给予安慰，两人之间的爱情再次滋生。好景不长，国柱与助手阮朗平（陈洁仪 饰）日久生情了。朗平后来觉得对新月十分歉意，独自离开了香港。不久国柱知道朗平怀孕了，便推测自己是否孩子的父亲，情急之下把真相告诉了新月…
