该剧以一桩恶性案件为切入口，通过青年刑警常征（黄景瑜 饰）的视角，讲述出两代公安干警为维护一方安宁，扫除犯罪团伙，不畏艰险、前赴后继的英勇故事。在昌武（虚构地）这座小城，在危机重重的战斗第一线，刑侦大队副大队长常征因长期追查实力雄厚的赵啸声家族，而被卷入重重漩涡之中。
玉珞君是位人称“爵士王子”的二十世纪三十年代上海电影明星夜总会的小号手。他很有艺术天赋、情感细腻但又有些软弱。富家小姐许柯茹一见钟情爱上了与之邂逅的他，由于门第相差悬殊，他们的相爱遭到了许父的强烈反对。柯茹和玉珞君毅然私奔来到苏州，两人相依为命，许父后来也接纳了他们。抗日战争爆发后，玉珞君和柯茹母子在混乱中失散。玉珞君搭船到了香港，后来又辗转到了新加坡，一次一次的阴差阳错，玉珞君始终没能与柯茹重逢，后来与善良的农家女林秀结为夫妻，柯茹却一直坚守着心中的爱，拒绝了一直爱慕她的周宇光。二十几年过去了，柯茹终于与玉珞君相见，然而物似人非，玉珞君左右为难，但他们彼此最后终于明白了，原来他们真正的爱人其实多年来就在身边。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
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