漂浮于东京湾上的人工岛「极东法令外特别地区」——通称“24区”。
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。 十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑……
新生苏浅和她的青梅竹马韩深，在共同度过了18个年头之后，又一次考入了同一所学校，本以为这样打打闹闹的日子会继续下去，韩深意外遭到雷击记忆错乱，竟自称来自十年后，而十年后的他们早已步入婚姻的殿堂，自称丈夫的男孩和恋人未满的女孩，他们的关系在悄悄发生变化……
这一年是天保十一年（1840年）。有一次，大饥荒爆发，人们心神不宁，于是恶魔们便化身为人，愚弄世人。角野是距离江户市区较远的一个山村。这个村子里住着一对兄妹，分别是仁太和铃音。两人是年幼时因为某种原因来到葛野的陌生人，但却被大家所接受，和谐地度过了在一起的日子。村子里有一位名叫“Itsukihime”的巫女，随着 Jinta 的成长，他成为了她的保镖。然后有一天，当仁太在森林中执行打败恶魔的任务时，他遇到了一个谈论遥远未来的神秘恶魔。身为巫女的贴身护卫，仁太时常处于死亡边缘，而铃音虽然担心哥哥，却仍开朗勇敢地送他离开。正当白哉履行着巫女“一木姬”的职责时，他的生命却受到了恶魔的威胁。三个人的命运齿轮交叉在一起，发生了偏差。一场大灾难降临到人魔身上，影响了整个时代很长一段时间。从江户到平成。一部日式史诗奇幻小说，讲述一个恶魔穿越 170 年间，不断质疑挥舞剑的意义的故事。
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漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
[TV动画] 明日方舟 [RISE FROM EMBER] 制作确认！博士，很高兴再次见到你。
