鼠老大因目睹神兽玄龟逃离引发鼠村暴乱，凭借特殊的纯净体质幸存却遭族人攻击，被药庐弟子四亭救下。为救鼠族，他携护卫八當踏上寻药之旅：穿越沙漠遇肥怪，逃亡中结识青狐，揭露白狐因炼金术失控酿成悲剧；勇闯诡市赌局，智破白狐设局，最终以青狐遗留的"有悔泪"为药引化解鼠族危机。历经沙漠险境与诡市赌局，鼠老大在玄鸟指引与挚友相助下，以纯净心灵破除贪欲枷锁，见证白狐忏悔救赎，最终携药引重返鼠村，完成自我成长与族群救赎的双重使命。
未来的地球被置于“清洁地球政策”之下，寻求将人口、环境、污染等问题转移到地球之外的出路。随着火星和月球成为工业废料和罪犯流放地，在月球上组织军队的戈德海德博士研制出名为“黑熊”的量产战斗机器人，开始反抗地球。战斗的余波传到了由布鲁海姆博士和西尔维斯特将军指挥的地球联邦军物质传送系统试验场，一枚导弹撞上了实验设备。此次冲击导致电脑爱好者少年香取圭为竞技网游所制作的战斗机器人的数据与地球联邦的计算机混合，而圭编写的程序“Rezarion”通过物质传送装置的力量实体化。由于这些事件，他卷入了一场保护地球的战斗。
聂离通过期末测试成功进入天才班，并得到了肖凝儿的红玉。学期结束时，他回到天痕世家，却遭遇了黑暗公会的来袭。聂离单枪匹马击退了黑暗公会的执事李云华，但在家族会议上却遭到了长老们的刁难。幸运的是，杨欣的出现为聂离解围，使他得以将神圣世家与黑暗公会勾结的秘密告知炼丹师协会。聂离购得梦魇妖壶后，专心炼制妖灵，创造了虎牙熊猫。随后，他参加了神圣世家举办的天才战，并与长老沈冥打赌。虎牙熊猫凭借强大的技能战胜了沈飞、沈宁和沈啸，声名大噪。作为优胜者，聂离正式进入城主府，并与叶紫芸关系更加密切。
在这部充满创意和趣味的动画片中，植物们和僵尸们展开了一场场智慧与勇气的较量。植物们需要利用自己的特殊能力来保卫家园，抵御僵尸们的入侵。每个角色都有自己的个性和特长，他们之间的互动充满了幽默和惊喜。
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《熊出没之探险日记2》则延续了上一季的剧情，除了保留大家最爱的女性角色赵琳外，还加入了人类大反派“天才威”等新角色，使剧集更具矛盾冲突。
