三千年前，天资绝顶的白秋然被青冥剑宗创始人青冥道人收为门徒，开始修仙之路。三千年后，白秋然的师尊青冥道人飞升成仙，大师兄渡劫失败身死道消，就连最小的小师妹的六世孙都筑基成功，学会了御剑乘风而行。而白秋然经历三千年的苦修还只是停留在炼气期，虽然经常被人嘲笑一直无法突破，但其实白秋然炼气期已达第六万六千六百六十四层的境界，个人实力非常强大，无论对手是仙神还是魔怪都能轻松取胜。白秋然一直没有放弃继续努力寻求突破，在这个过程中结识了不同类型的几位女主，最终找到突破境界之法，得偿所愿、成功筑基。
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马天与邪恶李博士合作，企图发明可怕传染病毒和疫苗来大赚黑心钱，未料在一次运输意外中将未成熟的病毒扩散在城市里，此阶段的病毒会选择有犯罪基因的人做为宿主，并变异人类基因成为暴恶兽人-欧克瑟。另一方面，科学家柯国龙利用大自然的四元素（火、水、气、土）能量，发明了四套超级铠甲（火焰铠甲拿瓦、海啸铠甲茨纳米、旋风铠甲驭拏多、晶钢铠甲酷雷伏），只有自然的四元素能量能消灭反自然病毒的黒能量。随着对欲望的走火入魔以及对暴恶兽人欧克瑟研究的进展，马天有了建立欧克瑟世界的疯狂念头；所幸，以端木燕为首的一群热血青年开始介入欧克瑟案件，成功阻止马天的计划。端木燕、马阔海、萧风、柯胜、马灵灵等青年一方面以科学推理的侦探精神协助警方将欧克瑟案件侦破，另一方面即利用超级铠甲的自然能量给予违反自然的可怕欧克瑟迎头痛击。
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑…
一切的开始追溯到1987年9月，在日本某处发生的离奇事件。事件发生之后的10多年来一直和未知的威胁对抗的火岛博士和与那岭博士组成了开发小组并在双神岛建设了研究所，著手进行地球制弹劾凰机械人的开发计划。多年后，终于完成了称之为“素体”的机械人原型机体。但是，就在这时候，主张此后的量产计画应以生产导向及效率为优先的无人驾驶机械人的火岛博士和为了防止万一机械人不听指挥发狂时的危险性的有人驾驶机械人的与那岭博士之间产生对立。经过长久激烈的争论后，火岛博士的提案因为危险性太高的理由被驳回而决定生产有人驾驶的机械人。火岛博士同时也被逐出研究所。
