如此阳光明媚的一天，海鸥自由飞翔的海边上，草帽海贼团的船舰静止在水面上没有动静。蒙其·D·路飞（高乃丽 配音）、罗罗亚·索隆（高木涉 配音）和娜美（丰口惠 配音）全部瘫软在甲板上，原来他们已经很久没有吃饭，饿得全身没有力气。正在这时，一头巨龙突然冲出水面，袭击了草帽海贼团的船只。混乱之中，路飞溺水，娜美则被巨龙掳走。不知过了多久，溺水昏迷的路飞漂到一处海边，打败了海贼强萨克的手下，解救了穷人家的孩子梅达卡。与索隆重新碰面的路飞，从梅达卡爷爷那里听说了哥萨克的传说。一场意外冒险即将展开……
在地势险峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇宝贝凯尔迪奥（中川翔子 配音）追随传说中的圣剑士克巴路欧（山寺宏一 配音）、泰利奇欧（安元洋贵 配音）、比利基恩（本田贵子 配音）修行，朝着圣剑士的目标持续努力。自不量力的凯尔迪奥不听三位老师的忠告，贸然向龙系最强的神奇宝贝酋雷姆（高桥克实 饰）发起挑战。及至交手时才发现自己远远不是酋雷姆的对手。关键时刻，三位圣剑士出现，为拯救弟子而甘愿牺牲自己。伤痕累累的凯尔迪奥落荒而逃，恰巧遇见正在修业旅行中的小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真守 配音）和艾莉丝（悠木碧 配音）一行，而愤怒的酋雷姆也尾随而至。新的战斗意外拉开序幕……
美月（桥本千波 配音）和夕哉（间岛淳司 配音）虽然身为兄妹，却并没有血缘关系，父母的重新结合让两人住到了同一屋檐下。个性有些傲娇的美月对夕哉这个突如其来的“哥哥”态度十分冷淡，但随着时间的推移，美月发现了夕哉善良的一面。
