一度内忧外患、濒临崩溃的堂上综合医院，在外科医生相良浩介（泽村一树 饰）到来的第二个年头，无论从业绩还是口碑均取得了令人满意的成绩。更为重要的是，曾经紧张非常的医患关系得以纾解，一度丧失了责任心的医护人员也受到相良的感召，投入到救死扶伤的工作中去。而就在此时，院长（野际阳子 饰）发表辞职声明，同时指名外甥——相良最大的劲敌森山卓（高岛政伸 饰）担任下任院长。这项人事任免在医院内部引起不小的轰动，人人感到一场强力的风暴即将到来。
继续展现ICAC如何锲而不舍，打击层出不穷的贪污舞弊罪行，不让繁荣稳定的香港因一小撮人而负上沉重的代价。《廉政行动二○○四》分为五个单元剧，分别是由贩卖外国护照改编的“终极斗智”、由解款车走私案改编的“不一样的赌注”、改编自首宗因身为公职人员行为不当而犯罪的“以权谋私”、廉署同一时间调查两宗涉及税务贪污案件的“猎户天龙”，以及综合所有公营房屋短桩案而成的“短桩”。
