话说玉皇大帝安排唐僧师徒整理天庭档案后。搞得整个天庭鸡飞狗跳，玉帝被众神仙堵在了凌霄宝殿门口。众仙情绪激动，以不成功便成仁的誓死精神逼迫玉帝撤职查办师徒四人，还要登报道歉，摆酒赔钱。虽然玉帝也早就后悔死了，但毕竟人家是如来佛祖的关系户，而且天庭档案管理的工作又是自己安排的，现在开除他们好像也有点自抽耳光，思量再三，决定祸水要流外人田，让这几个狗血的家伙到自己的远房表哥宙斯和堂兄奥丁那里去。
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普利斯凭借拥有超星核的钢齿虎，控制了整个超好玩联盟的日常生活。表面上，外星居民都十分快活与自由，但实际上却是处处受控，甚至连基本生活作息都被彻底打乱。迷糊博士带领着猪猪侠等五名特工和超萌宠，为星盟的居民请命，解决困难。但一次意外，迷糊脑部受了重伤，成了一个神经兮兮的科学怪老伯，并与大伙失散了。在乌吧星城内，一边躲开普利斯的耳目，一边寻找迷糊博士的下落，猪猪侠等人疲于奔命。幸好在外星居民的协助下，猪猪侠和迷糊博士重聚，与此同时，普利斯也率领钢齿虎军团包围了整个迷糊博士的实验室。然而，迷糊博士一改昔日的逃跑战术，最终决定带领猪猪侠等人，堂堂正正地跟普利斯来一场萌宠科技大战。
《熊出没之探险日记2》则延续了上一季的剧情，除了保留大家最爱的女性角色赵琳外，还加入了人类大反派“天才威”等新角色，使剧集更具矛盾冲突。
