在美国人民努力适应祖国人的统治之时，戈多金大学新来的校长鼓吹一门能让学生们变得比以往更强大的新课程。凯特和山姆被视为英雄，而玛丽、乔丹和艾玛在经历了数个月的痛苦后，回到了课堂。人类与超人类之间的战争正在酝酿，三位主角发现了一个始于上个世纪六十年代的秘密项目，而且该项目也许对当下仍有重大影响，不管如何，玛丽都被牵涉在了其中。
据福斯电视部门老大加里·纽曼透露，新一季《X档案》可能因主演档期问题，延后至2018年底或2019年播出。但有望由上季的6集扩充至10集。作为经典剧集，《X档案》一直有着一批忠实粉丝。 即使在停播了14年后，于2016年初播出了全新的故事，首集便吸引到1350万观众收看。
