黑魔蝶消失之后，新的周期开始了。奇迹少女和黑猫罗尔必须面对一个全新的敌人——神秘，令人担忧，难以捉摸，但离他们很近。非常近，但他们不知道。马丽娜和艾俊也从来没有这么亲密过！但这并不一定使他们的日常生活变得美好，因为他们彼此保守着自己的秘密，最大的秘密就是他们仍然不知道对方就是奇迹少女和黑猫罗尔。在一个崭新的堪称模范的绿色巴黎，在一个崭新的充满革命性的学校的中心，英雄们将经历一个充满情感和启示的学年。
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一切都由一本科幻小说引起。小说家杨匡（刘兆铭 饰）的科幻小说里描述了一种改造新人类的方法，那就是抽取人类的脑细胞，加以改造，以此甚至能控制被改造者的思想。这一切看似荒诞的想法，竟被一个阴谋控制全世界的富商看中。他出资建立了实验室，招募了一批手下，将杨匡捉了去做实验。后来，杨匡逃了出来，被人送到医院。医生原振侠（黎明 饰）武功高强，为人正义，他发现杨匡十分沉默寡言，目光呆滞，经常用水清洗双手。杨匡的反常的表现引起了原振侠的注意，他和护士彩云（朱茵 饰）决心找出杨匡背后隐藏的秘密。
故事讲述的是克里斯和迪亚戈刚刚分居并被迫搬回父母家，但情况很快就恶化了，曾经分开的生活再次交织在一起。
