贫穷青年杨敬华遭遇交通事故，再次醒来以后，他发现自己成为年轻了10岁的水灵少年！正当他妄想着这是死后重生，马上就可以踏上人生巅峰的时候，眼前出现了一个自称“阳冥司”的白发帅哥，他告诉杨敬华“你已经死了”之后奇怪的说出“少年，和我签订契约吗？”邀请他。后来，二人对彼此溢出深厚的感情，互相支撑彼此的旅程。
突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力，被称为“子体”的兵器。负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”，他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬，还有一心向往天空的少年，两人漫长且炙热的故事就此展开。
以一个有着人类、兽人、魔女、天空人等各式各样人种存在，并各自组成六个国家势力的幻想世界「雷尔姆」(Realm/レルム)作为舞台，在这个世界里，凡是伴随着绝望而死的灵魂，最后都会转生成为被称为「螺旋」(Spiral/スバイラル)的魔物，并对其他生命造成巨大的威胁;而玩家们在游戏中，将扮演一名拥有净化之....
重生成为一株柳树？灵气复苏，万物崛起。重生的柳树也走上了进化之路。能够无限进化的它，是“神力”还是“诅咒”？
进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗？浮云楼仙境银行里有什么秘密？被困在镜中世界的金王子，齐娜、菲灵、莫纱、荒石，又会如何呢？火领主自由了吗？辛灵仙子会复活吗？又会发生什么新的奇遇呢？黑衣人到底是谁？女王的真实目的是什么？灵公主为什么囚禁火领主？人类世界会和平吗？
这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年——新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……
司空震在地下城发现了机关兽并私下研究，武则天发现端倪并派上官婉儿私下调查，而尧天组织也有自己的打算……几股势力交织在一起，暗潮涌动。在最终爆发的共同危机面前，众人还是为了长安的安危，力排万难，合力解决了机关怪兽，长安城恢复了安宁。
