第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
一年过去了，格伦登宁勋爵去世，莫里在巴黎工作。天堂店的现任老板凯瑟琳最近嫁给了风流成性的汤姆·韦斯顿，韦斯顿有一个年幼的女儿弗洛拉。她召唤莫里回来重振这家生意下滑的商店。回来后，莫里向仍在天堂店工作的丹妮丝求婚，而奥黛丽则向埃德蒙求婚。新来的员工是女店员苏西和店员纳撒尼尔，苏西爱上了纳撒尼尔，却不知道他是芬顿的破坏者。芬顿是一个竞争对手，正试图收购天堂店。凯瑟琳知道韦斯顿也想卖掉天堂店，便敦促莫里把重新开业的店面办好。丹妮丝怀疑纳撒尼尔的行为，便揭发了他，导致纳撒尼尔被解雇，莫里在管理的第一天就获得了巨额利润。韦斯顿看到了这笔生意的潜力，便取消了与芬顿的交易。
故事发生在1944年，第二次世界大战接近尾声，日本帝国主义在海外的攻势也成为强弩之末。历经八年战火荼毒的中国，就此也到了生死存亡的决定时刻。中美英三国策划对日寇发动联合反击，肩负着艰巨使命的美国飞虎队王牌飞行员卡恩驾驶P-40战斗机飞临滇西上空，谁知却遭到此前获悉情报的日本空军的狙击。经过一番对决，卡恩的飞机遭到重创，他也不得不跳伞落入了滇西的密林之中。日军阳光司令部旋即派兵展开地毯式搜索，而八路军游击队、美军伞兵特遣队、国民党远征军也分别开始了营救行动。
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该片聚焦三星堆最新出土具有代表性的文物，通过文物出土、清理、修复、研究，以及故事化讲述，重构历史场景，透物见人还原三星堆人的生活往事，揭示三星堆文明的演变进程，厘清三星堆文明的背景以及三星堆文明在中华文明、乃至世界文明中的影响力。
CBS于2012年3月14日宣布续订第四季。
