故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。
故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
小蜜蜂每天都和小昆虫们快快乐乐的玩耍着，和疼爱他的哈妮妈妈过着幸福的生活。因救了小蚂蚁，而认识的甲虫爷爷来到他家做客，小蜜蜂不经意间知道了自己的身世，原来他不并不是哈妮妈妈亲生骨肉。他刚出生时，蜜蜂王国因遭到大黄蜂的袭击，蜜蜂家族全军覆没。哈妮妈妈受女王的嘱托带着小蜜蜂逃了出来。现在知道他的亲生妈妈蜜蜂女王还活着，于是为了重新振兴蜜蜂王国小蜜蜂踏上了寻找妈妈的征程。小蜜蜂在寻找妈妈的路上还帮助了许多遇到困难的昆虫们。他虽然和同样在寻找自己的妈妈擦肩而过，但谁都没有发现彼此。小蜜蜂到底要经历多么艰辛的旅程，才能和妈妈重逢呢？
