故事中的妖怪，大部份出自鸟山石燕的《图百鬼夜行》和竹原春泉的《小人儿书一百故事》的妖怪画集。奴良陆生表面是一个13岁的普通初一学生，但实际却是妖怪“滑头鬼”的孙子，拥有四分之一的妖怪血统，白天是一个普通少年，到了晚上则成了一个妖怪。 儿时的他非常崇拜爷爷，并且非常喜欢爷爷手下的“奴良组”。因为父亲奴良鲤伴很早就已经去世，本应该继承“奴良组”三代目的陆生却因为不愿自己成为同学惧怕和讨厌的妖怪要拒绝继承。直到有一天，一心想成为滑头鬼妖怪元兴寺为了打击报复奴良家袭击了陆生和同学一同乘坐的校车。求人心切的陆生本能地召唤出妖怪的血统，救出了同学。最终他到底会选择成为妖怪吗？
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑…
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田光良（中村悠一 配音）是一位平凡的高中二年级学生，祖父经营着一间和他同名的咖啡店。多田的梦想是能够成为一名摄影师，因为这是他已故的父亲的职业，多田希望自己有朝一日能够继承父亲的衣钵。一次偶然之中，多田在街上邂逅了名为特蕾莎（石见舞菜香 配音），特蕾莎是一位金发碧眼的德国女孩，来到日本留学。多田帮助了迷了路又与同伴走散的特蕾莎，并将她带到了祖父的咖啡店中，令特蕾莎对他产生了深刻的印象。之后，特蕾莎成为了多田的同班同学，并结识了个性大大咧咧十分喧闹的伊集院薰（宫野真守 配音）、脑袋里不知道在想些什么的杉本一（梅原裕一郎 配音）等人。
20岁的废柴大学生——木之下和也。和初恋女友仅接吻了一次，可只过了一个月就被甩了。
以受众熟悉的歌德发起出发召集令，召集大小朋友们在新一季和歌德一起出发，并肩前行探 索世界，在前进的旅程中发现世界的更多精彩，收获丰富的自然知识，见证彼此的成长。
