征战PTU一年后，李柏翘（陈键锋 饰）加入冲锋队，而钟立文（吴卓羲 饰）加入特别职务队。两人的行事风格迥异，柏翘接连高升，而立文则总为冲动埋单。台湾坐牢十年的江世孝（苗侨伟 饰）出狱，被进兴老大杜亦天接回香港，准备委以重任。但遭到Laughing哥（谢天华 饰）的不满，处处挑衅。期间，立文为了破获制毒工场，邂逅了盗版妹江悠悠（江若琳 饰），而后者刚好是江世孝失散多年的女儿。在大嫂程若芯（周海媚 饰）的撮合下，父女终于相认。而江世孝也投桃报李为程若芯找到了母亲花姐。花姐之女花若葆在Car1受到李Sir不留情面的责骂。幸好有柏翘劝慰才得以化解，两人暗生情愫。与此同时，立文与悠悠也是假戏真做，一个扮演小公主，一个扮幸运王子。正在此时，立文奉命作进兴卧底，投靠Laughing，后者游走在江世孝与程若芯之间，亦正亦邪…
据福斯电视部门老大加里·纽曼透露，新一季《X档案》可能因主演档期问题，延后至2018年底或2019年播出。但有望由上季的6集扩充至10集。作为经典剧集，《X档案》一直有着一批忠实粉丝。 即使在停播了14年后，于2016年初播出了全新的故事，首集便吸引到1350万观众收看。
第四季一开篇，Tommy Gavin一如既往地陷入麻烦之中。Sheila要求他从FDNY退休，跟她一起去海边，在那栋她用911遗孀抚恤金买的豪宅中享受二人世界，但Tommy拒绝了。恼羞成怒的Sheila对Tommy下了迷奸药，然后放火把房子夷为平地。醒来后的Tommy记不清当时的状况，再加上他的暴力、酗酒、酒后短暂失忆等前科，使得保险公司将他作为纵火嫌疑犯进行调查。一时间，关于Tommy的流言蜚语遍布了FDNY，甚至惊动了FDNY的高层，他们决定从内部调查Tommy。Tommy的饭碗和人身自由都处于不保的境地。
