第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
1993年，特技演员烈风（方中信 饰）与女友贺千惠（萱萱 饰）、好友凌克洋（林保怡 饰）前往西安旅游，却意外地在古墓中见到了幼年时的救命恩人步荆红（王菲 饰），他震惊于步荆红20年如一日的容貌并展开了调查。原来步荆红是秦朝时获得长生不老药的舞姬胭脂，孤独千年，只为寻找变 回正常人的秘方，而她不知的是，同样获得了不死之身的秦将军嬴战（单立文 饰）一直都在追寻她的下落。烈风在寻找真相的同时渐渐爱上了步荆红，而荆红却一再压抑，拒绝感情。命运交织，改名为盛世秦的嬴战终于找到了荆红，而他依然不改残暴本性，祸害人间，想尽办法拆散烈风与荆红，并且还想彻底破坏荆红成为普通人的愿望。
还在读书的钱串串暗恋上了隔壁班的大男孩林胜东，林胜东也默默关注钱串串很久，两人互生情愫，但没过多久就迎来毕业季，这让钱串串第一次体会到被人抛弃的感觉。毕业后的钱串串已经是一名影视策划，步入社会的钱串串工作雷厉风行，对初恋早已释怀并且有了一个非常在意她的男朋友南泽，可南泽最终还是说出了分手。钱串串又一次被甩了。刘小白是钱串串的大学同学和同事，也一直暗恋她，终于刘小白鼓起勇气告白，二人在一起渡过了一段甜蜜的时光。刘小白是否能坚守初心呢？
深夜，大火，奔涌肆虐的地下之火，无情地吞噬着井下的矿工……救护车警笛声声，溪平不眠，溪平煤矿发生了瓦斯爆炸的惨案，但这起惊天大案却不知为什么在社会中竟无声无息、不为人知、没有一丝一毫的披露……某报著名记者迟立强、杨茗莉应邀为溪平煤矿撰写报告文学，职业的敏感使他们捕捉到溪平煤矿所谓先进达标企业的背后，存在违反安全操作规程，暗地里与矿工签定生死合同的不法内幕。而恰在此时，迟立强的前妻俞静在采访北山矿返城的途中突然意外死亡……
