更衣小夜是私立三荆学园的高中二年级学生，虽然平常和同学们一起过着普通的学园生活。但是另一方面，她还要接受父亲的命令完成某项“任务”。那就是狩猎被称为“古物”，拥有远超过人类力量，并且以人类为食的东西。小夜作为唯一可以打到“古物”的人，为了守护他人、为了自己最喜欢的父亲，使用浮岛神社传承下来的御神刀独自战斗着。
天地异变，妖兽横生，新纪元人类诞生了一种全新的职业。收服怪物，培养怪物，训练怪物，这就是御使。一个怀揣着梦想的少年懵懵憧憧的被一脚踢入这个黄金盛世。高鹏：就算是一条泥鳅，我也能将他进化成一只翱翔九天的真龙。
一切的开始追溯到1987年9月，在日本某处发生的离奇事件。事件发生之后的10多年来一直和未知的威胁对抗的火岛博士和与那岭博士组成了开发小组并在双神岛建设了研究所，著手进行地球制弹劾凰机械人的开发计划。多年后，终于完成了称之为“素体”的机械人原型机体。但是，就在这时候，主张此后的量产计画应以生产导向及效率为优先的无人驾驶机械人的火岛博士和为了防止万一机械人不听指挥发狂时的危险性的有人驾驶机械人的与那岭博士之间产生对立。经过长久激烈的争论后，火岛博士的提案因为危险性太高的理由被驳回而决定生产有人驾驶的机械人。火岛博士同时也被逐出研究所。
上一场激烈的战斗已经结束了数千年，邪恶的金翅雕被封印在高塔之内永世不得翻身，为了重新获得自由，它复活了自己的爪牙蛇妖和蝎妖，又将葫芦山炸成七块，令葫芦兄弟们四散各地不能团聚。之后，蛇妖和蝎妖奉金翅雕之命找到落单的葫芦兄弟们，决心将他们逐一消灭，以实现金翅雕统治世界的野心，葫芦山神得知了这一可怕的阴谋，复活了爷爷。就这样，爷爷踏上了寻找葫芦兄弟的旅途，而失散的葫芦兄弟们则失去了记忆。爷爷必须快马加鞭，和时间赛跑，赶在妖怪们之前找到葫芦兄弟，与此同时，已经忘记一切的葫芦兄弟是否会想起从前，担负起拯救苍生的伟大重任呢？
结城梨斗（渡边明乃 配音）尽管沉默寡言，但拥有一颗温柔善良的内心。内向的他暗恋名叫西连寺春菜（矢作纱友里 配音）的女孩，然而，他选择了把真挚的感情藏在心底，只是偷偷看着她已解相思之苦。终于，梨斗再也无法抑制内心的感情，他鼓起勇气，决定向春菜告白，然而，一连串意外的发生让他的告白对象变成了名为菈菈（户松遥 配音）的女子，更加匪夷所思的是，菈菈的真实身份竟然是戴比路克星的外星公主。就这样，梨斗开始了和菈菈“斗智斗勇”的生活，随之而来的不仅仅是接踵而至的各路麻烦，竟然还有尾随菈菈而来的危险外星杀手，面对这样的险境，梨斗还能愉快的玩耍吗？
