在旅行的列车上，美雪（铃木杏 饰）再次邂逅了金田一（松本润 饰），并追随于他。同伴用手中的DV记录着发生的一切。某夜，一个木偶团长不幸被害。案发后，警探发现他原本在车厢里的尸体不翼而飞，于是引起了一阵骚乱。探长决定在一家酒店暂时住下，找寻犯罪嫌疑人，金田一等人也一同前往。后来，根据案情，嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中，探长想通过体重以缩小搜查范围。但是，一个女成员的意外死亡，却让金田一发现了隐藏的秘密，并由此揭开了一桩尘封多年的旧案真相……本片根据天树征丸的漫画改编，除上述特别版魔术列车杀人事件外，还包括以下6个事件，分别为幽灵客船杀人事件、法兰西银币杀人事件、黑死蝶杀人事件、速水玲香诱拐杀人事件、魔术的森杀人事件和露西亚人形杀人事件。
名叫司马博铭（王志文 饰）的男人是阳光医院响当当的心胸外科大夫，他医术高明，为人正直，是医患可以信赖和托付的对象。某天，阳光医院迎来了几名新成员，他们分别是富家女关姗（刘思言 饰）、在美国深造归来的外科医生韩子航（霍建华 饰）、在学期间成绩突出的巩凡（徐囡楠 饰）、从县级医院送来的代培医生任丘（张浩天 饰），他们全部归于司马医生的麾下学习。这里的病患多种多样，有早产的死刑女囚郝琳、有郁结着诸多秘密乖僻孤独的胸腔积水病人陈佳子……
在成长的路上，马克、梅莫和贝基这三个局外人接触到了一个叫做黑塔的奇幻世界。在那里，吞噬世界的怪物格里芬几个世纪以来一直在无情地掠夺和征服所有生物。而这三个朋友似乎注定要结束这场恐怖统治。
