第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
该剧主要讲述90年代初期，复原军人回归工厂的故事。展现了当代工人阶级艰苦奋斗、爱岗敬业的优良品质。
自由城因为谋杀、满月和秘密阴谋动荡不安。与此同时，劳瑞娜搜寻与林中人以及自己奇迹般的康复相关的线索。
张果果（孙怡 饰）是街坊邻里间熟识的馄饨店的送餐女孩，她以自己的热情和开朗赢得了大家的喜爱和尊重。实际上，张果果的真实身份是著名苏绣工坊金缕阁的千金，虽然并不知道自己的身世，但血液和基因不会骗人，张果果在刺绣上显示出了过人的天赋，并最终排除了万难，凭借自己的努力进入了金缕阁成为学徒。
蛰伏的无限者为了获得“抑制剂”的配方不断派出异能者作案，多次袭击异能局成员。望帝利用被洗脑的沈梦，大举进攻异能局。面对来势汹汹的无限者，异能局众人同心合力，与无限者斗智斗勇，解决了一次次的危机。然而一心想篡位的周蝶也在蠢蠢欲动谋划了一场更大的阴谋……
