第一部： 20世纪末一个初冬夜晚，不计其数的奇异卡片突然从阴霾的天空落下，散布到世 界各地。没人知道它们从何而来，作用何在。一年后，一个世界闻名的冒险家、考古 学家向世界宣布，他掌握能将卡片变成巨兽的咒语，并能操纵它们战斗。随着幻兽的 出现，人类社会的平衡秩序被打破。政府为了改变混乱局面，组织了两年一届的世界 御兽师争霸赛。从中挑选有才能的人，以维护世界和平.故事主角之一——祺翔十分羡慕御兽师这种职业，机缘巧合得到一只幻兽momo,之后和小伙伴玄福，希茹，以及化敌为友的朋特，开始了他们圆梦御兽师的旅程，他 们经过一系列比赛的磨练，克服了种种困难，一步一步向梦想靠近，但在这时可怕的黑暗势力，正悄悄向他们伸出魔爪……
《新石纪》是一部由稻垣理一郎原作、Boichi作画的知名科幻冒险漫画。故事以全人类因神秘光线石化，经过近四千年后主角石神千空复活，誓言以科学重建文明为主线。作品将少年热血与冷门科学知识巧妙结合，展开了一段唤醒世界、发起科技革命的冒险。该作在《周刊少年Jump》连载多年，改编为动画在全球收获高人气，也获得多项漫画大奖，是现代少年科幻的代表作之一。
美月（桥本千波 配音）和夕哉（间岛淳司 配音）虽然身为兄妹，却并没有血缘关系，父母的重新结合让两人住到了同一屋檐下。个性有些傲娇的美月对夕哉这个突如其来的“哥哥”态度十分冷淡，但随着时间的推移，美月发现了夕哉善良的一面。
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汤姆策划了一个非同寻常的计划，利用可怕的梦魇来测试亚历克斯的新火焰服，这危及了龙的秘密。
