故事发生在不远的未来，海平面因为不明原因急速上升，大多数地表都沉入了海中。小时候因为事故而失去一条腿的少年斑鸠夏生，厌倦了都市的生活，移居到了海边的乡村小镇。曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的，就只有船、潜水艇和一堆债务。
亚历克斯被误认为是一只缅因猫，并在顶层公寓里接管了它的生活。
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只要人类拥有心，就一定会有烦恼。“怪”也由此乘虚而入，在体内引发奇怪的症状。被称作“怪病”的这种病症，虽然无人知晓，但确确实实地存在着。面对现代医学的治疗手段束手无策的这种病症，有一位医生和弟子一同出面应对。他的名字是拉姆尼。外表怎么看也不像是个医生，不论何时都我行我素，而且说话也毫不留情。但他一旦面对怪病，就能瞬间发现患者们隐藏在心中的烦恼原因，并加以治疗。
性格乖僻、沉默寡言的出租车司机小户川，卷入女子高中生失踪事件。
世界首个VRMMORPG游戏《Sword Art Online》成为了“死亡游戏”。距1万名用户被困在游戏中一事发生，已有一个多月。攻略了钢铁浮游城“艾恩葛朗特”第一层后，亚丝娜继续与桐人搭档，以最顶层为目标继续着旅程。然而，带领玩家攻略游戏的两大精英公会“ALS”（艾恩葛朗特解放队）和“DKB”（龙骑士团）之间爆发了冲突，这背后，有一名神秘人物在暗中行动。在命悬一线的危险战斗中，继“攻略”压力后的另一重“威胁”将桐人和亚丝娜卷入其中。
