灰太狼费尽心思创造出各种发明来捉羊，却屡次失败。于是灰太狼来到发明星球，去抢宇宙级大发明家——妙多多发明的发明战车聚宝号来捉羊。慢羊羊得知后，准备造出另一个聚宝号对付灰太狼。但由于慢羊羊是普通发明家，不仅失败，还因此失去了发明能力。于是，小羊们也来到了发明星球。
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五人前往私立学院学习时，风间遭到袭击。他的智力下降，身上留下奇怪的咬痕。现已在日本发行DVD和蓝光原版日语音频。
漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
