故事发生在一个图腾崇拜的时代，这是一片充满神秘色彩的远古大陆，这里有着各式各 样的生物与原始部落。图腾战士是这个世界里最受人尊崇的职业。他们拥有超越常人的力量与智慧，他们有着坚毅的信仰，他们用各自的方式与力量守护着自己的部落。主人公小鱼便是在这样的环境下成长起来的，即使自身条件不足，却仍以成为图腾战士为目标。在一次阴差阳错中，小鱼竟击败了一只剑齿熊；也正是凭借着这样的运气，他开始了自己的图腾战士之路……
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑…
高中生日暮窦子（铃川纱由 配音）拥有看见其他人内心颜色的能力，她憧憬着同学作永君（高石明里 配音）身上亮丽的色彩。作永退学后，窦子在小镇的旧书店找到了她，并结识了同样拥有明亮色彩的少年影平路易（木户大圣 配音）。在窦子的提议下三人组成了乐队，开始创作起属于自己的歌曲。因音乐结缘的三人关系逐渐拉进，却也各怀心事：窦子一直隐瞒着自己“能够看见他人颜色”的秘密；作永向家人隐瞒了自己退学的事实，路易则瞒着母亲搞起了乐队……随着校园庆典的临近，从音乐中获得安慰与力量的三人，在日吉子老师（新垣结衣 配音）等人的帮助下，决定用人生的第一场演唱会直面真实的自己。
