一家神秘的玩具公司利用忍者神龟新获得的知名度，兄弟俩循着线索来到新泽西州，在那里他们偶然发现了一个令人震惊的事情。
居住在宁静的孤岛·伊那国岛的少年们，突然遭遇了足球部废部的危机。取回足球的条件是，在Football Frontier的比赛中取得一胜。主人公·稻森明日人等人离开了岛，进入雷门中学并向Football Frontier发起挑战。伊那国·雷门十一人初战的对手，是排名第一的“星章学园”……
