“夜晚尚未结束” 光克服了成为吸血鬼的困惑，决定“喜欢”荠菜，而荠菜也决心要让光“爱上”她。在完全不理解“爱”为何物的他们看来，夜晚的节奏却加速了。计划杀死吸血鬼的侦探莺莺（Uguisu Anko）的手正在逼近。吸血鬼的弱点是“人类时期所依附的东西”。他们试图提前摆脱这个弱点，但荠菜却对她作为人类的生活毫无记忆。荠菜隐藏的过去是什么？为什么安子开始杀死吸血鬼？荠菜和安子之间又有着怎样的“秘密”？光、荠菜、安子……一个新的“夜晚”开始了，而它不会以一个快乐的“深夜”结束！
纱名（大和田仁美 配音）自幼生活在“研究所”中，从未涉足过外面的世界。她拥有能够任意改变周遭物体的超级能力，因此被当做“危险品”一般受到重重监护。某日，再也忍无可忍的纱名逃出了研究所，随即遭到了组织的追捕。无处可去的纱名在走投无路的境遇下遇见了名为㭴村藏六（大冢明夫 配音）的老者，善良的老人收留了纱名。藏六和孙女早苗（丰崎爱生 配音）过着相依为命的生活，如今家中多了一个女孩，生活倏地热闹起来。和纱名一起逃出来的，还有个性大大咧咧自由奔放的雏雾朝日（藤原夏海 配音）和她的双胞胎妹妹雏雾夜长（鬼头明里 配音），女孩们所要面对的，是步步紧逼的研究员以及她们扑朔迷离的身世。
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2013年，瑞士的原子核研究机构“CERN”——在希格斯玻色子这一发现的暗影之下，某个秘密计划启动了。这一计划的名称是“Niantic计划”。其目的是研究干涉人类精神的未知物质。被称为“奇异物质（XM）”的这种物质，自古以来就感应着人们的精神及能力，甚至给人类的历史带来了极大的影响。世界各国的机关暗中进行着这项研究。XM被视为人类的希望或是威胁，大国及巨大企业为此而爆发了争夺战。接受XM的力量，并准备将其利用于人类进化的“启蒙军”。将XM视为威胁，并准备控制它的“反抗军”。世界划分为这两大阵营，至今仍在持续着争斗。在这个世界发生的争斗背后，正是XM的存在。之后，2018年——。以东京和世界为舞台，围绕着XM的新战斗开幕。将动画、在线位置信息游戏以及现实连结起来，从未体验过的全新“增强现实娱乐”开始了。
