牙狼动画版第二季改编自日本系列深夜特摄剧《牙狼》。动画版第二季将设定在日本平安时代，以女性版安倍睛明为主角，讲述她降妖伏魔的传奇故事……
一切的开始追溯到1987年9月，在日本某处发生的离奇事件。事件发生之后的10多年来一直和未知的威胁对抗的火岛博士和与那岭博士组成了开发小组并在双神岛建设了研究所，著手进行地球制弹劾凰机械人的开发计划。多年后，终于完成了称之为“素体”的机械人原型机体。但是，就在这时候，主张此后的量产计画应以生产导向及效率为优先的无人驾驶机械人的火岛博士和为了防止万一机械人不听指挥发狂时的危险性的有人驾驶机械人的与那岭博士之间产生对立。经过长久激烈的争论后，火岛博士的提案因为危险性太高的理由被驳回而决定生产有人驾驶的机械人。火岛博士同时也被逐出研究所。
利维亚的杰洛特是一名变异的怪物猎人，他受雇调查海边村庄发生的一系列袭击事件，并卷入了人类与人鱼之间长达数个世纪的冲突之中。他必须依靠新老朋友的帮助，解开谜团，以免两个王国之间的敌对状态升级为全面战争。
战国时代，号称霸王的织田信长，在现代日本复活了。但，却是以柴犬的样貌！与信长同时代的战场名将们，也全都转生成了狗。现代的群雄割据，是在遛狗场中……！？
新危机出现！桃子的师父森木宇，竟被变成了精灵的样子！为了帮师父恢复，桃子和朋友们前往星卡师世界，参加花语族仙蜜试炼赛！然而比赛的背后，却酝酿着一场阴谋……
