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第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
Bae原是一位拥有一切的公主，然而一朝生变，家族破产，她失去了所有的特权。她只能自力更生，最后进入新闻行业成为一名记者，在报道新闻中展现了更好的自己。
1948年春，保密局南京站二处侦防科科长李梅在一次行动中脑部受重创造成部分失忆，忘记了自己共产党员的身份。中共情报员佯装叛变设计让李梅的记忆复苏。和党组织恢复联系后的李梅配合组织完成任务，同时找准时机吸纳中央陆军大学战术教官高峰。保密局南京站站长胡一夫一直暗中监控李梅，李梅几次险象环生。期间她与高峰出生入死，擦出了爱情火花，结为连理。最终李梅协助高峰率部宣布起义，解放军百万雄师渡江，南京解放 。
蛰伏的无限者为了获得“抑制剂”的配方不断派出异能者作案，多次袭击异能局成员。望帝利用被洗脑的沈梦，大举进攻异能局。面对来势汹汹的无限者，异能局众人同心合力，与无限者斗智斗勇，解决了一次次的危机。然而一心想篡位的周蝶也在蠢蠢欲动谋划了一场更大的阴谋……
