正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战…… 本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。
该动画片讲述的是三年级小学生小米有许多烦恼和愿 望，他独自对着星空许下心愿，被偶然路过的流 星型宇宙人阿哟听到。阿哟拥有在各个星球之间 瞬间穿梭的能力，可以帮助别人实现不同的愿 望。小米把阿哟当作伙伴带回自己的家。从此， 三年级小学生小米的生活开始变得不再平凡，阿 哟通过自己的超能力，穿梭于宇宙之间，不断帮 助小米实现各种小小心愿。
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从小被咕噜收养的人类少女妖妖，与到洞中捉咕噜的张奈何相遇。为了偷回被张奈何夺走的“天雷珠”和财宝，妖妖赖在了张奈何身边，一段前世今生的甜甜感情在不知不觉中展开。
秦羽飞升进入仙魔妖界，因机缘遇见了柳寒舒，在他身上看到了之前的自己，决定收他为徒教他保护自己的方法，但因为宝物星图与柳家和玉剑宗结下梁子，最终以柳寒舒的死亡拉开序幕，秦羽走上与强大对手的对抗之路，努力刻苦修炼，让自己变得更加强大，坚持自己中心的正义之道，也想守护自己在乎的人。三兄弟飞升别离，为寻好兄弟，秦羽踏上了漫漫长路，究竟小黑与侯费在何处，他们能否再次重逢。
