2020年。人类从平流层下降,被怪异的生命体·怪异所威胁。为了讨伐怪异而组织起来的是怪伐军。那个将脑内的视觉系统具体化,拥有“超脑力”的人的集团。完成入伍的Yite和kazane,被卷入无法抗拒的命运和世界的真相。
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下,出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后,经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间,智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来?