上乃木遥（工藤晴香 配音）是一个普通的少女，从小她就拥有能看到幽灵的特殊体质。一日，一个名叫鸦（中井和哉 配音）的男子突然出现在了她的眼前，鸦告诉遥自己来自于15年后的世界，在那个时代中，世界被分割成许多的时空界，其中，最邪恶的香格里拉时空界一直妄图毁灭其他的时空界，而自己就是一直与之战斗的龙骑兵。他此次前来的目的是为了捕获可以确定未来的龙之转矩，而在现在，龙之转矩的所有者就是遥本人。
明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来，不惜采取暗杀的手段，而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法，年轻气盛的下山参战，在奇兵队中崭露头角。凭借一身的本领，绯村最终成为令幕府一派闻风丧胆的刽子手拔刀斋，同时他也和宿敌壬生狼斋藤一有过无数次对决。明治政府建立后，绯村收起屠刀，成为一名腰挂逆刃刀的浪人。在流浪途中，他结识了神谷道场的继承人阿薰、东京府士族后代明神弥彦以及原赤报队成员相乐左之助。在一次次的战斗中，他们的友情不断加深，绯村那颗满是血污的心灵也慢慢得到净化……本片根据同名漫画改编。
公元1333年，为日本的武士治国打下基础的镰仓幕府，因为深得信赖的幕臣·足立高氏的谋反而灭亡。失去一切、被推入绝望深渊的幕府正统继承人·北条时行，在自称是神的神官·诹访赖重的指引下逃出了化为焦土的镰仓……。时行在逃亡到诹访后，遇见了值得信赖的伙伴，并慢慢累积夺回镰仓所需的力量。面对时代变迁的惊涛骇浪，与「战斗」、「死亡」的武士生存之道背道而驰，时行选择以「逃跑」、「求生」克服困境。开始于这英雄众多的乱世，时行重新夺回天下的鬼抓人游戏将如何发展呢――。
