五千年前，对于修行有着无数憧憬的少年，却因体质特殊而无法突破炼体期，进入下一个修炼境界。 他从远古神话时代一直修炼到了现代社会，站在繁华都市中，炼体期九万九千四百四十二层的轩辕铭。 给自己定了一个小目标：先修炼到炼体期十万层！
当史前海绵宝宝解冻后，他在整个城镇引起了混乱 - 只有海绵宝宝可以与他交流！当一群蛤蜊降落在比基尼海滩时，海绵宝宝必须把它们赶出来，否则它们会毁了整个城镇！
一处位于乡下的宁静村庄，发生家畜陆续诡异死亡的奇妙案件。为了解决这起案件，一位穿着一身显眼服装，名叫「隐神」的男子，被从东京找来到此地。就在调查途中，男子与一名居住村内，被旁人叫「泥田坊」，有着神秘气息的少年相遇。一则波澜万丈的怪物物语，就此揭开了序幕──
