万圣天尊林飞主宰全球灵气复苏后，世界各国修仙界群雄井起，位于大夏东侧的乌国部夏国传承，派出高手偷袭却被林飞轻松击败。谁知对方不仅没有收手。反而召唤上古神明想要逆风翻盘，为了永绝后患，林飞直接术妄图作恶的众神全部解决，从此鸟国再也无力優扰大夏。随后林飞为了调古天魔神言，和道倡瑶光起乔装潜入，经过一番调查，天魔神吉的阴谋也终于浮出水面。
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
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